Szesnastoletni Yu Ominae jest Sprigganem - obdarzonym nadludzkimi zdolnościami agentem tajnej organizacji. Jej zadaniem jest strzec artefaktów, które tysiące lat temu pozostawiła na Ziemi obca cywilizacja. Pewnego dnia okazuje się, że wrogowie chcą wykraść Arkę Noego. Yu musi zrobić wszystko, by do tego nie dopuścić. Powodzenie tej niebezpieczniej misji zadecydują o losach świata.
